• • عامه مردم مفهوم مالیات بر ارزش افزوده را فوراً درک نمی‌کنند. مشکل فهم این روش بخصوص در کشورهای در حال توسعه بیشتر از کشورهای پیشرفته است. در این راستا ترجیح داده می‌شود که به جای مالیات بر ارزش افزوده از نامی‌ ملموس تر استفاده شود. به همین دلیل است که بسیاری از کشور‌ها از نام‌های دیگر مانند مالیات بر کالا‌ها و خدمات استفاده می‌کنند (همان منبع).

  

• • به دو دلیل تعیین پایه مالیاتی مالیات بر ارزش افزوده مشکل است؛ اول آنکه ممکن است کالایی تا مرحله ای معاف و پس از آن مشمول مالیات شود و یا ممکن است کالایی تا مرحله ای از تولید مشمول یک نرخ پایین تر و پس از فرآوری و تبدیل آن به محصول نهایی مشمول نرخ بالاتری قرار گیرد (نادران، ۱۳۸۳: ۱۹).

• • • یکی از مشکلات در هنگام محاسبه مالیات بر ارزش افزوده پیدایش مسأله مالیات بر ارزش افزوده منفی است. این پدیده زمانی رخ می‌دهد که قیمت فروش بنگاه کمتر از قیمت خریدهایش باشد. به همین دلیل غالباً در کشور‌ها برای جلوگیری از بروز این خصیصه، فروش کالا به کمتر از قیمت تمام شده را ممنوع کرده و اساساً آن را در حسابهای مالی بنگاه‌ها نمی‌پذیرند (همان منبع).

  

• • کمبود تجربه کافی در زمینه اجرای مالیات بر ارزش افزوده در قیاس با مالیات‌های یک مرحله ای از جمله مشکلات دیگر کشورهای در حال توسعه است. در این راستا در این کشور‌ها به منظور برآورد نمودن احتیاجات مختلف در راه اندازی ادارات مالیات بر ارزش افزوده، تحلیل‌های کمی ‌بر اساس تخمین‌ها، لازم و ضروری است.

• • به عقیده برخی از اقتصاد پژوهان، این مالیات اثر تنازلی دارد؛ زیرا مالیات بر ارزش افزوده یک نوع مالیات بر مصرف محسوب می‌شود. در نتیجه، اقشار کم درآمد به طور نسبی، فشار مالیاتی بیشتری را متحمل می‌شوند که این مسئله، بعد عدالت اجتماعی این مالیات را زیر سؤال می‌برد. بررسی‌ها نشان می‌دهد که با معاف نمودن برخی از کالاهای ضروری و اساسی از مشمولیت مالیات بر ارزش افزوده، این مشکل پیدا نمی‌شود (سعیدی و همکاران، ۱۳۹۰).

• • برخی تحلیلگران اقتصادی مدعی هستند به دلیل آنکه مالیات بر ارزش افزوده، در نهایت به مصرف کننده منتقل می‌شود، باعث افزایش سطح عمومی‌ قیمت‌ها شده، در نتیجه تورم ایجاد می‌شود. هر چند برخی از مطالعات نشان داده‌اند که افزایش سطح عمومی‌ قیمت‌ها یکبار و در کوتاه مدت اتفاق می‌افتد و در بلندمدت اثر تورمی ‌قابل ملاحظه ای ندارد.

• • از آنجایی که این مالیات بر روی قیمت‌ها مؤثر است، هزینه های مصرفی خانوار‌ها را افزایش می‌دهد. هر چند با راهکارهایی مانند حذف مالیات‌های غیرمستقیم و برقراری مالیات بر مجموع درآمد و … ، اثرهای استنباطی این مالیات بر هزینه زندگی کمتر خواهد بود.

• امکان تبانی بین خریدار و فروشنده، سندسازی و تقلب در صورت حساب‌ها و سندهای خرید و فروش و در نتیجه فرار مالیاتی وجود دارد. البته احتمال وقوع موارد ذکر شده به دلیل وجود امتیاز اعتبار مالیاتی کمتر از مالیات غیر مستقیم است (موسوی جهرمی، ۱۳۸۶: ۳۶).

۲-۳-۷- آثار اقتصادی اجرای مالیات بر ارزش افزوده

۲-۳-۷-۱- اثر بر کارایی تولید

چنانچه نرخ‌های مالیات بر ارزش افزوده به ترتیبی تنظیم شوند که ویژگی خنثی بودن آن را به طور برجسته تأمین نمایند، چون مالیات بر ارزش افزوده هیچ گونه تبعیضی به زیان هیچ یک از عوامل تولید ایجاد نمی‌کند، می‌تواند کارایی اقتصادی را حفظ کند. البته از آنجا که غالباً کارایی و عدالت در تباین با یکدیگر قرار می‌گیرند، ‌بنابرین‏ انتخاب یکی از این دو یک انتخاب سیاسی است و هر کدام آثار خاص خود را بر تولید و توزیع دارند (نادران، ۱۳۸۳: ۲۰).

۲-۳-۷-۲- اثر بر رشد اقتصادی

دولت از طریق انواع مختلف معافیت‌ها و تخفیف‌های مالیاتی می‌تواند تصمیمات پس انداز و سرمایه گذاری را تحت تأثیر قرار دهد و از این طریق با تشویق سرمایه گذاری بخش خصوصی تسهیلاتی را جهت افزایش رشد و توسعه اقتصادی ایجاد کند. برای مثال اعطای امتیازات مالیاتی ‌در مورد کالاهای سرمایه ای موجود در سیستم مالیات بر ارزش افزوده، با فرض ثابت بودن سایر شرایط می‌تواند بنگاه‌های تولیدی را در جهت اقدام به سرمایه گذاری بیشتر تشویق کند. اعمال مالیات بر ارزش افزوده کامل، کارایی اقتصاد را تسریع می‌بخشد و درصورت تداوم کارایی در بلندمدت، رشد اقتصادی نیز گسترش خواهد یافت. همچنین مالیات بر ارزش افزوده از طریق اثرگذاری بر عرضه نیروی کار، رشد اقتصادی را افزایش می‌دهد. بدین صورت که با خنثی کردن اثرات منفی مالیات بر بیمه های اجتماعی از کاهش عرضه نیروی کار جلوگیری به عمل آورده و از این طریق عامل نیروی کار دوباره در جریان تولید قرار خواهد گرفت و ‌به این ترتیب میزان تولیدات و در نتیجه رشد اقتصادی افزایش خواهد یافت (آقایی و همکاران، ۱۳۸۰).

۲-۳-۷-۳- اثر بر کسری بودجه

به دلیل گسترده بودن پایه مالیاتی مالیات بر ارزش افزوده زمینه افزایش درآمد برای دولت فراهم است. به عبارت دیگر مالیات بر ارزش افزوده منجر به گسترش درآمدهای بخش عمومی ‌دولت و افزایش قدرت سیاستگذاران مالی می‌شود و این مسئله باعث کاهش کسری بودجه دولت می‌شود (نادران، ۱۳۸۳: ۲۱).

۲-۳-۷-۴- اثر بر ثبات اقتصادی

یکی از مهمترین خصائص سیستم مالیات، نقش آن در کاهش نوسانات اقتصادی است. با نرخ داده شده و ثابت مالیات، گسترش پایه ی مالیاتی موجب تغییر در فعالیت‌های اقتصاد کلان می‌شود. اگر تغییر در درآمدهای مالیاتی بر مخارج دولت مؤثر نباشد، این اثرگذاری تغییر مازاد یا کسر بودجه را موجب می‌گردد. اگر نرخ افزایش یا کاهش بدهی مالیاتی بیشتر از نرخ تغییر درآمد باشد، در این صورت عنوان می‌شود که سیستم مالیاتی تثبیت کننده‌ خودکار را در اقتصاد ایجاد ‌کرده‌است. مالیات‌های تصاعدی بر درآمد و سود در از بین بردن نوسانات اقتصادی و ایجاد ثبات اقتصادی بسیار مؤثر است. حال اگر سیستم مالیاتی از مالیات بر درآمد و مالیات بر بیمه های اجتماعی به مالیات بر ارزش افزوده تغییر جهت داده شود، این عمل نقش تثبیت کننده های خودکار را در اقتصاد کاهش می‌دهد (کمیجانی، ۱۳۷۴: ۲۷۱).

۲-۳-۷-۵- اثر بر توزیع درآمد

مالیات بر ارزش افزوده با نرخ یکسان به علت تأکیدی که بر یکنواختی نرخ مالیات دارد موضوع عدالت یا توزیع درآمد را که برای کشورهای در حال توسعه مهم است نادیده می‌گیرد. یک ادعای مشترک علیه مالیات بر ارزش افزوده این است که مالیات بر ارزش افزوده یک نوع مالیات تنازلی است و مصرف واقعی خانوارهای با درآمد پایین را از خانوارهای با درآمد بالا بیشتر کاهش می‌دهد. این ادعای کلی به مقدار زیادی به مالیات‌های جایگزین شده، معافیت‌ها و نرخ‌های صفر مالیاتی و هر اقدام جبرانی دیگر بستگی دارد. با این وجود، نگرش کلی ‌در مورد مالیات بر ارزش افزوده این است که این مالیات یک مالیات گسترده بر کالاهای ضروری است و به خودی خود باید تنازلی باشد (طهماسبی بلداجی، ۱۳۸۸).

۲-۳-۷-۶- اثر بر سرمایه گذاری